Acı kayısı çekirdeği başta olmak üzere, kayısı çekirdeğinin çocuklar ve yetişkinler tarafından çok tüketilmesi zararlıdır. Özellikle çocukların kayısı çekirdeği tüketmesi tavsiye edilmez. Araştırmacılar kayısı çekirdeğinin çocukları zehirleyebileceğini belirtmektedir.
Kayısı çekirdeğinin aşırı tüketilmesi, siyanür zehirlenmesine yol açabilir.
Belirtileri ateş, baş dönmesi, baş ağrısı, uykusuzluk, halsizlik, sinirlilik, susuzluk gibi bulgulardır. Bunun nedeni kayısı çekirdeği içerisinde %5 oranında zehirleyici bir kimyasal olan amigdalin adlı maddenin bulunmasıdır. Bu oran tatlı kayısı çekirdeğinde %1 oranındadır.
Bu oranlar içerisinde %5’lik amigdalin miktarı %0.3 siyanüre işaret etmektedir. Ortalama bir kayısı çekirdeği 600 mg olarak düşünülürse, acı kayısı çekirdeğinin 1.8 mg siyanür içerdiği tahmin edilmektedir. Dolayısıyla kayısı çekirdeği tüketiminde aşırıya kaçılmamalıdır; aksi halde kişiyi zehirleyebilir.
Kayısı çekirdeğinin kansere faydalı olduğunun düşünülme sebeplerinden biri de içerdiği amigdalin adlı maddedir.
Nitekim vücuda alınan amigdalinin ilk önce kanserli hücreler tarafından alındığı ve siyanür nedeniyle kanserli hücrelere zarar verdiği düşünülmektedir. Ancak amigdalin maddesinin kanserli hücrede değil de midede siyanüre dönüşmesinin hastaya zararlı olabileceğini belirten kaynaklar da mevcuttur.
Zaten acı kayısı çekirdeğinin daha yüksek oranda amigdalin içermesi biraz tüketimi neticesinde kişiyi zehirleyebilir, ölüme neden olabilir.
Uzmanlar kayısı çekirdeği tüketiminde aşırıya kaçılmaması gerektiğini, özellikle acı kayısı çekirdeğinin tatlı olanlara oranla daha az tüketilmesi gerektiğini belirtmektedirler.